تعمل أمانة الشؤون العلمية على متابعة تطويروتجويد الأداءالأكاديمي بكليات الجامعة ووحداتها الأكاديمية المختلفة من حيث المحافظة على تميزنوعية الطلاب المقبولين بهاوتسهي لإجراء اتتسجيلهم وبالمساهمة في إعداد وتطبيق مناهج أكاديمية متطورة تحقق المخرجات المرجوة منها و بالمشاركة فينظم تقويم الطلاب خاصة نظم الامتحانات، تشجيعاً و ارشاداً ودعماً لهم، و بالعمل على منحهم الاجازات العلمية عند تخرجهم وكلذلك يتم من خلال مجالس الأقسام ومجالس الكليات ومجلس الأساتذة ولجانه المختلفة. و وفقاً لنظم ولوائح الجامعة تقوم أمانة الشؤون العلمية بإعداد وتنفيذ خطط الجامعة لتدريب وتأهيل أعضاءهيئة التدريس أكاديمياً داخل السودان وخارجه و ذلك لتقديم نوعية ممتازة من الدراسات العليا وتدريبٍ متقدمٍ ومستمر.